La Real, Ilustre, Venerable y Primitiva Hermandad del Santísimo Sacramento y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús de la Pasión y María Santísima del Refugio es consecuencia de la fusión de dos corporaciones, la primera, La Venerable Hermandad del Santísimo Sacramento de la Antigua Iglesia Arciprestal de San Pedro, fundada en 1536, siendo la primera y primitiva Hermandad Sacramental de la actual Diócesis de Huelva y la Real e Ilustre Hermandad y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús de la Pasión, fundada en 1918.

La Venerable Hermandad del Santísimo Sacramento de San Pedro se caracterizó históricamente por su importancia social dentro de la mentalidad religiosa del Antiguo Régimen. A esta corporación pertenecían los Duques de Medina Sidonia y Condes de Niebla, que tomaban posesión de la Villa en la Arciprestal de San Pedro, así como los sacerdotes de la Villa, de ahí el título de Venerable que ostenta, y gente importante de la misma, como D. Diego de Guzmán y Quesada, Alcalde del Castillo de Huelva o el Sacerdote D. Antonio Jacobo del Barco, Sacerdote Ilustrado y beneficiado de la Arciprestal de San Pedro.

La vinculación del Cabildo Municipal Onubense con la corporación Sacramental se debe a sus aportaciones a las celebraciones del Corpus Christi en la Villa, donde la encargada de realizarlos era la Sacramental de San Pedro. La organización de la fiesta del Corpus en Huelva fue llevada a cabo por la Hermandad Sacramental de San Pedro hasta que se crea el Obispado Onubense, siendo organizada a partir de ese momento por el Cabildo Catedral y saliendo de la Iglesia Conventual de la Merced, donde se ubica el Cabildo. La Hermandad Sacramental ha tenido vida casi ininterrumpidamente desde su fundación salvo en breves períodos de tiempo. En 1843 se reorganiza, fusionándose con la Hermandad de Pasión en 1987. Pero la vinculación de la Hermandad Sacramental de San Pedro con la Cofradía de Pasión es anterior. En 1944 la Cofradía de Pasión es acogida como Hermandad Filial por la Sacramental de San Pedro. En 1951 se fusionan ambas corporaciones, comunicada oficialmente por el Obispado de Huelva al Diario Odiel el 23 de Mayo de 1951, confirmándose esta unión, titulándose: "ARCHICOFRADÍA DEL SANTÍSIMO SACRAMENTO Y REAL E ILUSTRE HERMANDAD DE NAZARENOS DE NUESTRO PADRE JESÚS DE LA PASIÓN Y MARÍA SANTÍSIMA DEL REFUGIO".

Esta fusión fue derogada con posterioridad, en 1952, por discrepancias entre la Junta de Gobierno y el Arcipreste, separándose ambos institutos hasta que en 1987 se produce la fusión definitiva de ambas corporaciones, siendo anunciada por el párroco de San Pedro, D. Felipe Fernández Caballero momentos antes de la salida procesional de ese año, 14 de abril.
Por lo que respecta a la Fundación de la Cofradía de Pasión, esta hunde sus raíces en el Culto al Santísimo Sacramento. La primitiva imagen titular, presidía desde muy antiguo la capilla sacramental de San Pedro. Esta imagen de Nazareno itinerante era conocida popularmente como "Señor del Sagrario", apareciendo esta nomenclatura en testamentos y mandas piadosas desde el siglo XVII. Las capillas sacramentales de fábricas antiguas son propiedad de las hermandades sacramentales encuadradas en ella, así como los bienes muebles que se acoge dentro de su recinto. Por lo tanto, la imagen de Jesús del Sagrario sería propiedad de la Hermandad Sacramental. No se prodiga mucho que esta iconografía presida altares sacramentales, por lo general suelen mostrarse imágenes de la Inmaculada Concepción o de la Virgen en general, por ser el Primer Sagrario que acogió al divino verbo. Un caso parecido es del Nazareno de la Misericordia de la Parroquia de San Vicente de Sevilla, que preside el altar de la Capilla Sacramental de la Parroquia. La imagen con posterioridad es trasladada de capilla, en 1906, por D. Manuel González, Arcipreste de Huelva, fundador de la obra de los Sagrarios Calvarios, muy en consonancia la titulación de esta Congregación con la imagen que presidía la Capilla, un Nazareno itinerante que refleja la Pasión de Cristo, para entronizar la imagen del Corazón de Jesús en la Capilla Sacramental. El Nazareno es entronizado en la Capilla de la Concepción, de rejería renacentista de 1535. Esta Capilla es conocida en esos momentos por la de la Victoria, porque en ella se encontraba la Virgen de la Victoria de los Mínimos, que llegó a San Pedro tras la exclaustración de 1835. A partir de ese momento la imagen será conocida como de Pasión, creciendo la devoción en torno a él, que se materializa en los intentos de fundación de una Hermandad, cuyas primeras noticias son de 1914. En 1916 se sabe que se realizan solemnes cultos en honor de Jesús de la Pasión. Todos estos pasos conllevan a la erección de una Cofradía en 1918.

Se aprueban las primeras Reglas en 1922 por el Cardenal Almaráz. En esta Regla se contemplan en la túnica los colores blanco y morado, colores que son de los Sagrarios Calvarios. No obstante en la misma Regla fundacional se muestra que los colores de la cofradía son el rojo y el morado, plasmándose en la túnica de los cofrades, túnica morada, cíngulo y botonadura granas y capa grana. Este cambio se debe a la naciente vinculación de la Hermandad de penitencia con la Sacramental de San Pedro, cuyo color corporativo es el rojo. En este período se obtienen los títulos de Real por S.M. D. Alfonso XIII, en 1921, así como aceptar el título de Hermano Mayor Honorario el referido monarca. La Hermandad a lo largo de este período (1918-1936) se consolida. Se piensa realizar un paso de misterio, con la Verónica a los pies de Jesús y una imagen de la Virgen, representando el encuentro en la Calle de la Amargura. También se piensa en ampliar la cofradía con dos pasos, estando en un estado floreciente y en bastante auge. No obstante esta progresión se ve truncada por los sucesos ocurridos en 1936, a causa de los destrozos que sufre la parroquia de San Pedro el 18 de Julio, en el que el patrimonio de la Hermandad prácticamente desaparece. La imagen es destrozada, conservándose la mascarilla de la misma, salvada por nuestro hermano D. José Gallardo Hernández y en posesión de su familia en la actualidad. Se logra salvar el paso del Señor, paños de bocinas y una túnica morada. A partir de 1937 se produce la reorganización de la cofradía. Se encarga al imaginero sevillano D. José Infantes Reina una imagen de Jesús con la Cruz a Cuestas. Esta imagen es entregada a la cofradía el 6 de abril de 1938, procesionando ese mismo año.
En 1941 se adquiere la imagen de María Santísima del Refugio al taller de Antonio Infantes Reina. En principio se creía obra de su discípulo José Rivera García. No obstante en una posterior restauración de la imagen se constató que la imagen de María era de mayor antigüedad, de finales del S. XVIII.

La cofradía a medida que pasan los años se va enriqueciendo tanto en patrimonio como en devoción. En 1941 adquiere nuestra corporación el título de Ilustre al otorgar el Arzobispo de Sevilla D. Pedro Segura y Sáez de Hermano Mayor Honorario. En 1945 se otorga el título de Hermano Mayor Honorario al Ministro de Marina. Por lo que respecta a los símbolos externos de la cofradía, el escudo corporativo siempre ha sido la Cruz de Jerusalén o del Santo Sepulcro en Gules, timbrada con corona Real y orlada con Toisón de oro. Tras la fusión de 1987 se incorpora la Custodia sobre el todo. Con respecto a los colores, siempre ha primado el color morado el cual ha permanecido inalterable en el tiempo. El otro color básico de nuestra corporación ha sido el rojo, por la Hermandad Sacramental. Otros colores aleatorios que se han utilizado en algún momento en la historia de la Hermandad han sido el blanco, el negro y el verde.